@JUNP_Nです。女性に「すっぴんのほうが可愛い」というのは男性視点では褒め言葉という印象がありますが、女性から考えるとそうではないみたいです。その怒る理由をわかりやすく説明したツイートが話題になっています。
たしかにこれは女性の立場から考えるとムカつくかも！
男性としては「化粧なんかしなくても、十分に可愛いですよ」という意味で、すっぴんのほうが可愛いということを言っているのだと思いますが、女性の立場になると以下のように受け止められているようです。
関連：【衝撃画像】iPhoneアプリで犬にギャルメイクした画像が話題
言われてみれば、女性が可愛くなろうと努力して化粧をしたのに、それを完全否定しているように聞こえるかもしれません。
女性を褒める時は、すっぴんも可愛いけど、化粧をするともっと可愛いねと言えばいいのでしょうかね？女性を褒めるのは難しい。
なんで女の子にすっぴんの方が可愛いって言ったら怒るの？ってきいたら
お前自分のバイクカスタムしたのにノーマルの方がカッコいいって言われたらムカつくだろ？って返されて納得
— もとき@CBらいだー (@M_Speedwagon) 2014, 5月 15