@JUNP_Nです。iOS 6.1.3がリリースされました。iPhoneのApple純正マップが大幅に改善されています！
マップが超改善されてた！変な場所もなさそうだし、ちゃんと3Dがかっこいい！
今回のアップデートは以下の2点です。パスコードを回避して電話ができちゃっていたバグと「日本のマップの改善」です。
マップが改善したということで、早速マップアプリを開いてみました。
新宿駅を表示してみたところ、ちゃんと駅のホームも路線も見やすくなっています。ビル名などもずれることなく、使い物になるレベルになっています。
新宿駅周辺を3D表示してみました。ちやんと新宿です。ビルの高さもちゃんと新宿です。
僕が住んでいるのは溝の口なのですが、溝の口周辺も3Dです。素晴らしい。
（それにしても溝の口という町は「溝の口」「溝口」「溝ノ口」と表記が多い。色々なところで別の表記を使っていて統一されていないのが気になる）
アップデートはiTunes、もしくはiPhoneの設定アプリから行うことができます。
改善されたマップアプリを是非お試しください。